Séquençage de nouvelle génération, techniques de génomique et de bio-informatique pour analyser et interpréter des données biologiques.
- Favoriser la génération, le stockage, l’analyse et l’intégration de données omiques
Le centre a mis en place une plateforme de bio-informatique afin d’analyser les données provenant des installations de séquençage de l’Université de Lethbridge ainsi que des partenaires d’établissements universitaires et industriels.
- Promouvoir l’innovation en enseignement dans les domaines de la bio-informatique et des sciences génomiques
Le centre offre des possibilités de formation pour les étudiantes et étudiants de premier cycle, les personnes diplômées et post-doctorantes ainsi que pour des spécialistes de divers secteurs.
- Offrir des services et encourager les collaborations
Le centre favorise la collaboration entre les chercheurs et chercheuses de l’ensemble de la province grâce au réseau BioNet Alberta. Il coordonne la mise sur pied de projets de recherche pour aider ses membres et ses clients à obtenir d’importantes sommes de financement et établit des partenariats stratégiques avec des chercheurs, chercheuses et des parties prenantes externes. - Sensibiliser à l’importance des sciences génomiques et des technologies omiques
Le centre cherche à diffuser de l’information sur l’incidence de la recherche et des applications omiques actuelles sur la société, à promouvoir la science, la technologie, l’ingénierie et les mathématiques (STIM) grâce à des ressources de calibre mondial fondées sur les sciences omiques, ainsi qu’à favoriser la contribution de groupes sous-représentés (comme les Autochtones du Sud de l’Alberta) aux connaissances, aux ressources et aux conversations ouvertes concernant la mise en pratique et l’utilisation des technologies génomiques.
La plateforme de bio-informatique du centre offre une gamme de services qui varient en fonction de la nature de l’analyse requise. Le centre utilise l’analyse bio-informatique pour le séquençage à haut débit, y compris le séquençage de troisième génération à lecture longue continue et la transcriptomique.
- Génomique
- Séquençage du génome entier – Détection de variants (polymorphisme mononucléotidique (SNP), indel), variation du nombre de copies, variation structurelle
- Séquençage de l’exome – Détection de variants (polymorphisme mononucléotidique, indel), variation du nombre de copies
- Analyse de la méthylation de l’ADN
- Transcriptomique
- Profilage de l’expression génétique
- Sélection de poly(A)
- Analyse d’ARN total
- Analyse d’ARN non codant
- Détection de variants et analyse de l’édition
- Consultation avant expériences
- Possibilité de communiquer avec le personnel de la plateforme de bio-informatique du SAGSC et de BioNet Alberta afin d’éviter les conjectures et de déterminer les meilleurs paramètres pour mener à bien les expériences.
- Le personnel est heureux de prendre le temps qu’il faut pour bien comprendre les besoins de chaque projet et proposer un plan expérimental adapté avant l’acquisition de données.
- Le personnel aide à rédiger les parties des demandes de subvention qui concernent la bio-informatique en vue d’obtenir les fonds nécessaires à une future collaboration et à l’utilisation de la plateforme. De plus, le personnel rédige les parties du protocole qui concernent les méthodes statistiques et bio-informatiques dans toutes les publications fondées sur les données analysées par la plateforme.
- Analyse de données
- La plateforme de bio-informatique du SAGSC et BioNet Alberta offrent des services d’analyse et de visualisation de données. Ces services sont complémentaires et destinés aux chercheurs et chercheuses qui préfèrent ne pas intervenir dans les volets de bio-informatique, de l’analyse en pipeline à la préparation des graphiques et des figures.
- Mise en place d’analyses de pointe et en pipeline
- Des services de pointe, qui consistent à créer de nouvelles méthodes d’exécution en pipeline pour analyser les projets novateurs, sont offerts selon les besoins. Des représentants et représentantes de la plateforme de bio-informatique du SAGSC et de BioNet Alberta sont ravis de rencontrer les chercheuses et chercheurs intéressés pour discuter de tels projets.
- Agriculture, alimentaire et sciences animales
- Technologies et services de l’environnement
- Soins de santé et services sociaux
- Sciences de la vie, produits pharmaceutiques et équipement médical
Laboratoires et équipements spécialisés
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Équipement |
Fonction |
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Infrastructure de calcul haute performance à grande capacité de mémoire |
Fournir la mémoire nécessaire à l’analyse bio-informatique des données de séquençage accessibles au public et générées localement. |
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Thermocycleur T100 de Bio-Rad
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Exécuter l’étape d’incubation pour la ligature d’adaptateurs dans certaines banques. |
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Synthétiseur d’ADN/ARN S-8-LC
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Effectuer la synthèse des oligonucléotides. |
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PromethION |
Séquencer l’ARN à haut débit et à longue portée. Effectuer le séquençage à lecture longue de l’ARN pour l’analyse précise et le traitement de l’ARN et de l’ADN natif. |
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Bloc thermique |
Exécuter l’étape d’amplification isotherme du protocole de séquençage d’ARN circulaire. |
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Centrifugeuse de table 5424 |
Sélectionner la taille des colonnes de silice pour l’extraction de l’ARN. |
Partenaires de recherche des secteurs privé et public
- BioNet Alberta
Information additionnelle
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Titre |
Hyperlien |
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Un investissement dynamise la recherche en sciences génomiques en Alberta |
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Une subvention du CRSNG permettra à l’Université de Lethbridge d’augmenter ses capacités informatiques |
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Des scientifiques de l’Université de Lethbridge découvrent un nouveau mécanisme moléculaire jouant un rôle de premier plan dans la maladie d’Alzheimer |