Offre des services de séquençage de nouvelle génération et de données multi-omiques.
Le Centre de ressources en omique est un laboratoire proposant des services de séquençage de nouvelle génération (SNG) et de soutien à la recherche situé au Collège de médecine vétérinaire de l’Ouest de l’Université de la Saskatchewan, à Saskatoon.
Il propose des services intégrés en génomique couvrant l’ensemble du flux de travail, depuis le traitement des échantillons bruts et l’extraction des acides nucléiques jusqu’à la préparation des bibliothèques pour le séquençage de nouvelle génération, le séquençage à lecture courte et le cytoprofilage. Ces services sont offerts aux partenaires de l’Université de la Saskatchewan, aux équipes d’autres établissements d’enseignement et d’organismes de recherche à but non lucratif, ainsi qu’à des organisations à but lucratif et à des entreprises du secteur privé.
Le Centre est également un carrefour de formation pour le personnel hautement qualifié de l’Université de la Saskatchewan. Il propose en outre des services de conseil adaptés aux besoins des milieux de la médecine vétérinaire, de l’agriculture animale et de la recherche fondamentale, en accompagnant les projets depuis la conception de l’étude jusqu’à l’analyse des données.
L'installation est en mesure d’adapter ses opérations, allant d’échantillons pilotes individuels à des études de cohortes complètes, afin de répondre aux besoins de la recherche exploratoire comme à ceux de la recherche à haut débit. Cette capacité d’adaptation repose sur une automatisation avancée, comprenant des robots de manipulation de liquides, des systèmes automatisés d’extraction des acides nucléiques et des séquenceurs de pointe à lecture courte.
Enfin, le Centre réalise des analyses multi-omiques sur une variété échantillons biologiques, notamment des suspensions cellulaires, des coupes de tissus congelés frais et des tissus fixés au formol et inclus en paraffine (tissus FFPE). Grâce à ces analyses multi-omiques, l'équipe de recherche du centre peut profiler jusqu’à 2 millions de cellules, en analysant l’ARN pour l’étude de l’expression génique différentielle, les protéines et leurs états de phosphorylation pour l’exploration des voies et des réseaux biologiques, ainsi que la morphologie cellulaire pour la segmentation et l’analyse en grappes, le tout à une résolution unicellulaire avec un contexte spatial.
- Omique multimodale 5D : Réaliser du cytoprofilage basé sur l’imagerie avec comptage de sondes (sans lecture de séquençage), et du séquençage direct sur échantillon ciblant des loci définis par les utilisateurs et utilisatrices ou l’ensemble de transcriptome (ARNm 3'). Analyser jusqu’à 2 millions de cellules à partir de suspensions cellulaires, de coupes fraîchement congelées et de tissus fixés au formol et inclus en paraffine (FFPE). Détecter l’ARN pour l’analyse de l’expression génique différentielle, les protéines et leurs états de phosphorylation pour l’analyse des voies et des réseaux ainsi que la morphologie cellulaire pour la segmentation et la classification à résolution unicellulaire avec contexte spatial.
- Séquençage de l’ADN : Générer des données transcriptomiques à partir d’échantillons frais et fixés à l’aide des méthodes telles que le séquençage ARNm 3', ARN total, ARNm, petits ARN et approches connexes.
- Séquençage du génome : Appliquer diverses méthodes de séquençage de l’ADN, notamment le séquençage du génome entier, le séquençage du génome entier à faible couverture à des fins de génotypage, le séquençage d’amplicons et le séquençage de l’exome.
- Métacodage à barres : Profiler les communautés microbiennes par le séquençage des gènes d’ARN ribosomique 16S ou 18S et des régions ITS (espaceurs transcrits internes).
- Séquençage aléatoire global (séquençage métagénomique shotgun) : Caractériser l’ensemble des communautés microbiennes à partir d’échantillons biologiques ou environnementaux, permettant des analyses à plus haute résolution et plus reproductibles que le métabarcodage.
- Séquençage métatranscriptomique (MetaT-Seq) : Évaluer l’expression génétique microbienne active dans des communautés complexes.
- Regroupement d'échantillons (séquençage mutualisé) : Optimiser les coûts de séquençage en intégrant des échantillons individuels ou des projets pilotes de petite envergure dans des séries de séquençage tiers à plus grande échelle.
- Séquençage direct : Séquencer des bibliothèques fournies par la clientèle, avec option d’utiliser les réactifs de séquençage fournis par celle-ci.
- Traitement d’échantillons bruts : Réaliser l’extraction automatisée d’acides nucléiques à partir de divers types d’échantillons, y compris des tissus fixés au formol et inclus en paraffine (FFPE).
- Contrôle de la qualité des échantillons : Effectuer des évaluations quantitatives et qualitatives des extraits d’acides nucléiques et des bibliothèques de séquençage de nouvelle génération.
- Accès aux instruments : Offrir un accès partagé è des équipements tels que le TapeStation 4200 de Agilent, le lecteur de microplaques Synergy LX de Agilent, le système de purification d’acides nucléiques KingFisher Apex, le compteur cellulaire automatisé Countess 3 FL de Invitrogen et le dissociateur gentleMACS de Miltenyi Biotec.
- Services de conseil pour les projets : Accompagner la clientèle par des consultations sur la conception d’études, le choix des méthodes, la rédaction de lettres d’appui pour les demandes de financement, ainsi que des conseils pour l’analyse de données en aval (service offert sans frais).
- Agriculture, alimentaire et sciences animales
- Pêches et aquaculture
- Soins de santé et services sociaux
- Sciences de la vie, produits pharmaceutiques et équipement médical
Laboratoires et équipements spécialisés
- Séquençage ADN et ARN à courtes lectures : Générer des données de séquençage à haut débit au moyen de la plateforme AVITI24 de Element Biosciences, qui permet d’obtenir jusqu’à environ 900 Gbp, soit 3 milliards de lectures par analyse, avec une capacité évolutive adaptée aux grands génomes, au séquençage ciblé et aux applications de séquençage d’amplicons.
- Analyse multi-omique : Réaliser un cytoprofilage intégré et le séquençage direct sur échantillon afin d’analyser simultanément les génomes, transcriptomes, protéomes et la morphologie cellulaire à partir de suspensions cellulaires, de tissus fraîchement congelés et de coupes de tissus fixés au formol et inclus en paraffine (FFPE).
- Préparation automatisée de bibliothèques de séquençage de nouvelle génération : Préparer des bibliothèques de séquençage pour jusqu’à 96 échantillons à l’aide de systèmes automatisés de manipulation de liquides (Microlab STAR de Hamilton muni d’un thermocycleur intégré, modules de chauffage-agitation et modules automatisés).
- Manipulation automatisée de liquides : Automatiser la préparation de réactions en chaîne par polymérase (PCR) et en chaîne par polymérase quantitative (qPCR), la normalisation des acides nucléiques, les séries de dilution et le reformatage de plaques au moyen de plateformes programmables de manipulation de liquides (epMotion 5073 de Eppendorf).
- Extraction automatisée d’acides nucléiques et de protéines : Isoler l’ADN, l’ARN, les protéines et les cellules à partir de 1 à 96 échantillons en environ une heure au moyen de systèmes de purification à billes magnétiques (système Thermo Scientific KingFisher Apexe).
- Contrôle de la qualité des acides nucléiques : Évaluer l’intégrité de l’ADN et de l’ARN ainsi que la taille des fragments par électrophorèse automatisée, et générer des indicateurs tels que les indices RINe, DIN, DV200, et le pourcentage d’ADN cellulaire (%cfDNA) pour jusqu’à 96 échantillons par analyse (TapeStation 4200 de Agilent).
- Quantification biomoléculaire et détection d’essais : Mesurer les acides nucléiques, les protéines et divers essais cellulaires au moyen de méthodes de détection UV‑visible, par fluorescence et par luminescence pour des séries de 1 à 384 échantillons (lecteur multimode Synergy LX).
- Quantification fluorométrique : Quantifier avec une grande sensibilité les concentrations d’ADN, d’ARN, de microARN et de protéines pour les flux de travail de séquençage et d’analyse (fluorimètre Thermo Scientific Qubit Flex).
- Séchage et concentration d’échantillons : Évaporer et concentrer des acides nucléiques, des protéines et des solvants à partir de tubes ou de plaques pour les étapes ultérieures de traitement (concentrateur sous vide Thermo Scientific Savant SpeedVac SPD1030).
- Comptage cellulaire et analyse de la viabilité : Compter les cellules et les noyaux, et évaluer la viabilité cellulaire ainsi que l’apoptose au moyen de l’imagerie en champ clair et par fluorescence (Countess 3 FL de Invitrogen).
- Dissociation et homogénéisation de tissus : Produire des suspensions unicellulaires ou des homogénats à partir d’une vaste gamme de tissus pour des analyses moléculaires et cellulaires en aval (dissociateur gentleMACS de Miltenyi Biotec, homogénéisateur à haut débit Fisher Scientific Cole-Parmer Geno/Grinder 2010 HG-600).
Partenaires de recherche des secteurs privé et public
- Conseil national de recherches Canada (CNRC)
- Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC)
- Centre d’excellence pour le bétail et le fourrage