Mène des travaux de recherche appliquée en génomique et en biotechnologie dans le Nord de l’Ontario afin de soutenir l’innovation au service de l’approche « une seule santé », dans les secteurs de la santé humaine, animale et environnementale.
L’installation du Collège Canadore offre une expertise en génomique appliquée, en métagénomique et en biotechnologie, en adaptant des technologies de recherche de pointe à des solutions concrètes répondant aux besoins du Nord de l’Ontario. Elle se consacre notamment au séquençage de l’ADN et de l’ARN, à la génomique microbienne et environnementale, à l’assemblage et à l’analyse de génomes, à la caractérisation moléculaire et au développement de bioprocédés.
L’installation soutient les projets à toutes les étapes, du traitement des échantillons et des flux de travail moléculaires au séquençage, à la bioinformatique et à l’interprétation des données, offrant ainsi un parcours intégré qui transforme les échantillons biologiques en résultats de recherche exploitables. Son expertise est mise à profit en surveillance des agents pathogènes et prévention des infections, en résistance aux antimicrobiens, en diagnostics médicaux, en microbiologie environnementale, en traitement des eaux usées, en génomique agricole et des petits fruits et en recherche sur les biostimulants.
Les activités de recherche incluent la caractérisation de communautés microbiennes et de la résistance aux antimicrobiens en recourant à la génomique, le séquençage et l’analyse de génomes végétaux afin d’étudier la diversité génétique et les caractéristiques des cultures nordiques, ainsi que le soutien à la surveillance des agents pathogènes au moyen de méthodologies moléculaires et génomiques.
L’installation se démarque particulièrement par son intégration d’instruments de pointe, d’une expertise en recherche appliquée et de possibilités de formation étudiante. Cette approche donne accès aux équipes de recherche, aux entreprises et aux partenaires communautaires à des services de génomique et de biotechnologie assez rares dans le Nord de l’Ontario, tout en contribuant au développement d’une main-d’œuvre qualifiée pour soutenir ces technologies dans toute la région.
- Extraction, quantification et évaluation de la qualité de l’ADN et de l’ARN : Extraire, quantifier et évaluer l’intégrité des acides nucléiques provenant d’échantillons végétaux, microbiens, environnementaux et d’autres échantillons biologiques.
- Séquençage de l’ADN et de l’ARN : Générer des données de séquençage à lecture courte et à lecture longue grâce à des flux de travail de préparation de bibliothèques, de contrôle de la qualité et de séquençage destinés à la génomique microbienne, à la caractérisation d’agents pathogènes, à la génomique végétale et à la transcriptomique.
- Analyse microbienne et métagénomique : Caractériser les communautés microbiennes, identifier les organismes et étudier la résistance aux antimicrobiens dans des échantillons environnementaux et biologiques à l’aide d’approches génomiques et métagénomiques.
- Génomique végétale et des populations : Évaluer la diversité génétique, la structure des populations et la variation génomique à l’aide de méthodes de génotypage et de séquençage à représentation réduite.
- Assemblage du génome et bioinformatique : Assembler, corriger, annoter et comparer des génomes à l’aide de données de séquençage à lecture longue et d’un flux de travail bioinformatique de pointe.
- Surveillance moléculaire d’agents pathogènes : Caractériser les micro-organismes au moyen d’analyses génomiques et de séquençage pour des applications dans les domaines de l’environnement, de l’agriculture et de la santé.
- Développement et optimisation de bioprocédés : Évaluer les procédés de production microbiens et biologiques à l’aide de bioréacteurs de table, optimiser les conditions d’exploitation et générer des données pour contribuer au développement et à la mise à l’échelle des procédés.
- Croissance et incubation contrôlées de végétaux : Soutenir la croissance de végétaux, leur traitement et leur évaluation physiologique en milieu contrôlé, y compris par des études sur les biostimulants et le stress environnemental.
- Culture et microbiologie cellulaires – niveau CL2 : Mettre en œuvre des flux de travail approuvés de culture cellulaire et de microbiologie dans des environnements de confinement de niveau CL2, à l’aide de systèmes d’incubation et de laboratoire contrôlés.
- Gestion et stockage sécurisés de données génomiques : Assurer le stockage, la gestion et la conservation sécurisés de vastes ensembles de données génomiques, notamment dans le cadre de projets impliquant des communautés autochtones, leurs savoirs ou leurs échantillons.
- Développement de projets de recherche et conception de flux de travail : Appuyer des équipes de recherche, des entreprises et des partenaires communautaires en matière de conception d’expériences, de stratégies de préparation d’échantillons, de méthodes de séquençage et de planification de l’analyse de données.
- Agriculture, alimentaire et sciences animales
- Technologies et services de l’environnement
- Pêches et aquaculture
- Soins de santé et services sociaux
- Sciences de la vie, produits pharmaceutiques et équipement médical
Laboratoires et équipements spécialisés
- Séquençage à lecture courte et à lecture longue : Effectuer le séquençage de l’ADN et de l’ARN dans le cadre de projets de génomique microbienne, de métagénomique, de caractérisation des agents pathogènes, de génomique végétale et de transcriptomique à l’aide des plateformes de séquençage MiSeq i100 Plus d’Illumina et MinION Mk1C d’Oxford Nanopore.
- Évaluation de la qualité des acides nucléiques : Mesurer la concentration en ADN et en ARN, la taille et l’intégrité des fragments à l’appui des flux de travail de séquençage et de biologie moléculaire à l’aide d’un système 4150 TapeStation de Agilent.
- Ingénierie des bioprocédés à l’échelle du laboratoire : Soutenir les procédés mettant en œuvre des cellules microbiennes, de mammifères, d’insectes et d’autres types cellulaires au moyen d’un système automatisé de pompage et d’alimentation en gaz en utilisant un bioréacteur de n!Biomachines pouvant accueillir jusqu’à deux cuves de 2 litres.
- Croissance contrôlée de végétaux : Procurer un milieu contrôlé pour la croissance, le traitement et les expériences de réponse au stress des végétaux, notamment dans le cadre d’études sur les biostimulants, la sécheresse et les interactions entre les végétaux et les micro-organismes, à l’aide d’une chambre de croissance végétale programmable.
- Microbiologie et culture cellulaire de niveau CL2 : Mener des projets de recherche approuvés en microbiologie et culture cellulaires dans un laboratoire de confinement de niveau 2 muni de capacités d’incubation au CO₂.
- Stockage et gestion de données génomiques : Stocker, gérer et conserver de vastes ensembles de données de séquençage et de génomique à l’aide d’une infrastructure de données dédiée sur place favorisant une gouvernance et une gestion sécurisées des données, y compris des pratiques examinées par des Autochtones qui soutiennent une gestion responsable de la recherche impliquant des communautés autochtones, leurs savoirs ou leurs échantillons.
- Biologie moléculaire et préparation d’échantillons : Soutenir l’extraction de l’ADN et de l’ARN, aux flux de travail en biologie moléculaire, la préparation d’échantillons et la préparation de bibliothèques de séquençage pour des échantillons végétaux, microbiens, environnementaux et autres échantillons biologiques à l’aide d’instruments de laboratoire spécialisés.
Partenaires de recherche des secteurs privé et public
- Municipalité de North Bay
- Collège Boréal
- Ecolution Inc.
- Micro-Tek Inc.