Chef de file mondial dans les domaines de la génomique et de la bio-informatique, œuvrant depuis plus de 30 ans à faire progresser la recherche et à soutenir l’innovation scientifique.
Le Centre canadien des sciences génomiques Michael Smith est un programme de l’Agence provinciale des services de santé (PHSA) de la Colombie-Britannique et une installation de génomique de premier plan desservant la Colombie-Britannique et au-delà. Grâce à son expertise approfondie en génomique, transcriptomique, protéomique, épigénomique, métagénomique et bioinformatique, il soutient des applications en santé humaine, en recherche clinique et dans les sciences de la vie au sens large.
Le Centre a pour mandat d’améliorer la santé humaine tout en élargissant l’application de la génomique à des secteurs qui façonnent la vie et les moyens de subsistance en Colombie-Britannique et à l’échelle mondiale. Cela comprend le renforcement de la prévention des maladies, du diagnostic et du développement de thérapeuties, ainsi que la stimulation de l’innovation dans des domaines tels que la résilience environnementale, la biodiversité, l’agriculture, les sciences de la mer et d’autres secteurs des sciences de la vie. Pour atteindre ces objectifs, les équipes scientifiques du Centre s’appuient sur des plateformes de séquençage de pointe, des infrastructures de calcul avancées et des outils analytiques pour générer, intégrer et interpréter des données biologiques complexes à partir d’échantillons précieux et diversifiés.
Le Centre se distingue par ses collaborations étroites avec du personnel clinique, des chercheurs et chercheuses et des partenaires de l’ensemble du réseau de la santé, ainsi que par son intérêt particulier pour la recherche translationnelle. Dans le cadre de son programme d’oncogénomique personnalisée, ses équipes utilisent le séquençage du génome entier pour éclairer, en temps réel, les stratégies thérapeutiques et les décisions de prise en charge clinique des personnes atteintes de cancer. L'installation abrite également le Centre de génomique clinique, agréé par le Collège des pathologistes américains pour les tests de génomique clinique.
Grâce à la combinaison de technologies de pointe, de partenariats intersectoriels et d’un engagement envers l’excellence scientifique, le Centre canadien des sciences génomiques Michael Smith facilite la recherche et l’innovation fondées sur la génomique. Ses travaux favorisent la traduction des connaissances génomiques en solutions concrètes permettant de relever des défis complexes et de faire progresser les biosciences en Colombie-Britannique et ailleurs.
Services de génomique clinique
- Séquençage du génome entier (lignée germinale) et panels de gènes ciblés à visée clinique (p. ex. cancer héréditaire, hémopathies myéloïdes, panels oncologiques réalisés dans des environnements cliniques à haut débit et accrédités (agréés par le Collège des pathologistes américains [CAP] et le programme d’agrément en diagnostic [DAP] du Collège des médecins et chirurgiens de la Colombie-Britannique).
Services de séquençage
- Séquençage à haut débit pour un large éventail d’applications, notamment le génome entier, l’exome, le transcriptome, l’épigénome et le métagénome, ainsi que des flux de séquençage personnalisés.
- Extraction des acides nucléiques et préparation de bibliothèques d’ADN et d’ARN à partir de divers types d’échantillons (sang, salive, tissus fixés au formol et inclus dans la paraffine [FFIP], tissus congelés).
- Séquençage unicellulaire à l’aide de la technologie GEM-X de 10x Genomics et de méthodes de préparation directe de bibliothèques.
Bioinformatique et analyse de données
- Infrastructure bioinformatique sécurisée, évolutive et à haut débit, conçue pour des analyses efficaces, et certifiée ISO/IEC 27 001.
- Consultation en conception expérimentale et planification des analyses.
- Détection des variants génétiques et de mutations somatiques.
- Analyse de variants structuraux et du nombre de copies.
- Analyse du transcriptome et de l’expression génétique.
- Analyses épigénomiques (séquençage au bisulfite et immunoprécipitation de la chromatine suivi d’un séquençage à haut débit [ChIP-seq]).
- Assemblage et annotation des génomes.
- Analyses d’immunogénétique du cancer (p. ex. typage HLA, prédiction de néoantigènes).
- Suivi des échantillons, gestion de bases de données et soutien au dépôt des données dans des référentiels publics.
Protéomique et analyses multiomiques intégrées
- Profilage protéomique à haut débit fondé sur des affinités à l’aide des technologies Olink de test d’extension de proximité.
- Quantification allant de centaines à des milliers de protéines à partir d’échantillons de faible volume, avec une spécificité et une sensibilité élevées.
- Analyses multiomiques intégrées combinant la protéomique avec la génomique, la transcriptomique et l’épigénomique pour appuyer une compréhension sytémique des processus biologiques et des mécanismes des maladies.
Soutien aux projets collaboratifs et sur mesure
- Services de séquençage, d’analyse et de calcul personnalisés à l’appui de projets de recherche universitaires, cliniques et industriels.
- Expertise-conseil en conception expérimentale, en stratégie des données et en flux de travail collaboratifs des projets.
- Agriculture, alimentaire et sciences animales
- Éducation
- Technologies et services de l’environnement
- Pêches et aquaculture
- Foresterie et industrie forestière
- Soins de santé et services sociaux
- Sciences de la vie, produits pharmaceutiques et équipement médical
- Mines, minerais et métaux
- Industrie océanologique
- Services professionnels et techniques (y compris les services juridiques, l’architecture et le génie)
Laboratoires et équipements spécialisés
- Séquençage de l’ADN : Séquençage à haut débit de l’ADN et de l’ARN à lectures courtes et longues à l’aide des plateformes Illumina (NovaSeq X Plus, NovaSeq 6000, NextSeq 2000, MiSeq), des technologies Oxford Nanopore (MinION, PromethION) et de systèmes PacBio Revio HiFi.
- Analyse et gestion des données : Calcul haute performance et infrastructure de données sécurisée permettant des analyses génomiques à grande échelle, soutenues par plus de 30 000 cœurs de processeur hyper-threadés prenant en charge la technologie Hyper-Threading, plus de 20 Po de stockage et 24 processeurs graphiques pour des applications d’apprentissage profond.
- Méthodes, flux de travail et accréditation : Portefeuille complet de méthodes de préparation de bibliothèques pour les échantillons humains et non humains, soutenu par plus de 50 flux de travail bio-informatiques validés. Le Centre est agréé par le Collège des pathologistes américains (CAP) et le programme d’agrément en diagnostic (DAP) du Collège des médecins et chirurgiens de la Colombie-Britannique et certifié ISO 27 001. Il soutient à la fois la production à grande échelle et le développement de pipelines de données sur mesure. Il est en outre un élément clé de longue date de la Plateforme nationale canadienne de séquençage et d’analyse des génomes.
Partenaires de recherche des secteurs privé et public
• BC Cancer
• Centre pour le contrôle des maladies de la Colombie-Britannique
• Hôpital pour enfants malades de Toronto
• Coastal Genomics Inc.
• Institut de recherche Terry Fox
• National Cancer Institute (États-Unis)
• Institut de recherche de l’Hôpital pour enfants de la Colombie-Britannique
• Centre de la prostate de Vancouver
• AbCellera Biologics Inc.
• Acuitas Therapeutics, Inc.
• Pêches et Océans Canada
• Conseil national de recherches du Canada
• Ressources naturelles Canada
• Université de la Colombie-Britannique
• Université de Victoria
• Université de Calgary
• Université de l’Alberta
• Université McGill
• Université Queen’s
• Université Johns Hopkins
• Université Simon Fraser
• Régie régionale de santé Vancouver Coastal Health
• Hôpital St. Paul's