Laboratoire de génomique fonctionnelle

Université de Brandon, Brandon, Manitoba
Que fait l'installation

Lutte contre les maladies parasitaires causées par les helminthes et les protozoaires; la recherche se penche sur l’effet des molécules et de l’environnement sur ces infections.

Domaines d'expertise

L’Organisation mondiale de la Santé estime qu’environ 80 pour cent de la population mondiale souffre d’infections causées par un ver parasite : l’helminthe. Bien que les infections dues aux vers soient rarement mortelles pour l’être humain, elles ont des effets importants sur les AVAI (années de vie ajustée en fonction de l'incapacité), c’est-à-dire le nombre d’années de vie en bonne santé perdues en raison de décès ou d’incapacités précoces. Dans les pays les plus pauvres, ce sont les enfants qui souffrent le plus de ce problème, qui se manifeste par la malnutrition, l’anémie, les retards de croissance, les déficits cognitifs et une susceptibilité accrue à d’autres maladies. Les maladies infectieuses ont un énorme impact sur la santé humaine ainsi que sur celle des animaux importants sur le plan économique et social. Par exemple, tous les ans, en Amérique du Nord, on enregistre des pertes directes énormes en raison de la mortalité du bétail, mais il est maintenant reconnu que les infections subcliniques (ne présentant aucun signe apparent de maladie) peuvent produire des effets dévastateurs sur la productivité (on estime en effet que les pertes économiques attribuables aux infections parasitiques du bétail dépassent trois milliards de dollars par année aux États-Unis). Au Canada, de nombreuses cultures agricoles à grande échelle, comme le soya, le blé et la pomme de terre, sont détruites en raison d’infections par les helminthes transmis par le sol. Le but du programme de recherche est de contribuer à l’atténuation du fardeau des maladies causées par les helminthes parasites grâce à une meilleure compréhension de la dynamique de ces infections aussi bien à l’échelle microscopique (c’est-à-dire moléculaire : gènes et protéines) que macroscopique (environnement propice à l’établissement des parasites : paysage, présence de contaminants).

Secteurs d'application
  • Agriculture, alimentaire et sciences animales
  • Pêches et aquaculture
  • Sciences de la vie, produits pharmaceutiques et équipement médical

Équipement

Fonction

Système de matrice de suspension, poste de travail et logiciel Bio-Plex

Ce système intègre la technologie de matrice de suspension xMAP, un poste de travail fiable, un logiciel spécialisé et à outils de validation. Le système comprend un lecteur de matrice, un poste de travail en fluidique grande capacité, des trousses d’étalonnage et de validation, des logiciels, l’utilitaire d’analyse de données SNP Manager, un ordinateur et un écran. Ce système, capable d’examiner simultanément des centaines de gènes (ou de protéines), peut servir au génotypage SNP, au génotypage, à la détection de pathogènes, à l’identification de souches, à l’analyse de protéines multianalytes et à l’analyse des facteurs de transcription.

Système d’administration de particules biolistiques

Ce système permet l’administration physique directe d’acides nucléiques dans les cellules afin de les transformer. Cette technologie est adaptée à une grande variété de cibles : cultures cellulaires, tissus, organes, plantes, animaux, bactéries et organelles. L’instrument recourt à une impulsion d’hélium pour injecter des particules de tungstène ou d’or haute densité, enrobées d’acides nucléiques, directement dans les cellules cibles.

Système de focalisation isoélectrique Protean et cellule bidimensionnelle Protean II

Le système de focalisation isoélectrique (FIE) protean exécute la première dimension de l’électrophorèse bidimensionnelle des protéines. La cellule bidimensionnelle Protean sert à séparer les protéines dans seconde dimension.

Logiciel d’analyse génétique HelixTree

Ce logiciel permet d’établir des liens entre les gènes, les facteurs environnementaux et les résultats de traitements (p. ex., médicaments ou pesticides). Il est en mesure d’établir des liens entre des milliers de gènes interactifs (résultant notamment d’une expérience à microréseaux) et les résultats environnementaux d’une réponse phénotypique. Il propose aussi des fonctions avancées d’analyse des haplotypes (groupe d’allèles de différents loci transmis ensemble) permettant d’effectuer la corrélation des haplotypes et des réponses.

Microscope à fluorescence inversé avec caméra

 

Stéréoscope à épifluorescence, logiciel de suivi de mouvements (Image-Pro Plus) et caméra

 

Couplé à un microscope à appareil photo/caméra, ce logiciel d’imagerie permet la saisie et l’analyse d’image d’échantillons et l’étude des changements dans le temps sur des échantillons vivants (p. ex., réponses de parasites exposés à divers composés) grâce à l’acquisition d’images à intervalles préétablis et de séquences vidéo en temps réel. Ce système peut dénombrer et caractériser des objets à l’aide de plus de 50 outils de mesure manuels et automatiques, permettant aux chercheurs d’extraire des données quantifiables. Il est également possible d’explorer les images en trois dimensions et ainsi de mesurer angles, distances et volumes.

Lecteur de microplaques multimode Molecular Devices

Cet instrument est conçu pour effectuer des mesures de fluorescence, de luminescence et d’absorbance à haut débit d’échantillons sur microplaques. Ce système, capable de traiter une microplaque de 96 échantillons en moins de deux minutes, peut traiter des milliers d’échantillons à l’heure. Cet équipement a diverses applications : mesure de sondes d'ADN marquées par fluorescence, de protéines à fluorescence verte (GFP), de rapporteurs GFP, de la chimiluminescence, de la bioluminescence et de cofacteurs métaboliques, et analyses colorimétriques et de dosages cellulaires et immunologiques.

Système de cages ventilées à filtre HEPA

Système de cages autonome permettant d’accueillir des animaux immunodéprimés ou présentant des agents pathogènes infectieux. Le filtre HEPA permet la cohabitation de divers types de souches ou d’animaux dans le même système et dans le même laboratoire, sans qu’il soit nécessaire de construire des infrastructures coûteuses.

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Bernadette F. Ardelli http://people.brandonu.ca/ardellib/