Plateforme d’exploration cellulaire avancée (ACE)

Université de l'Alberta, Edmonton, Alberta
Que fait l'installation

Offre l’équipement de pointe et l’expertise nécessaires pour gérer et automatiser des expériences à grande échelle dans des domaines tels que la découverte de médicaments et l’analyse unicellulaire.

Domaines d'expertise

L’installation abrite de l’équipement de pointe qui facilite les expériences à grande échelle. La plateforme ACE dispose d'équipements de pointe pour faciliter une variété de techniques qui relèvent des nœuds technologiques suivants : 1) acide nucléique et technologies de séquençage, 2) profilage unicellulaire, 3) banques de criblage génétique et chimique, et les 4) plates-formes auxiliaires. Nos deux principaux domaines d’expertise sont le séquençage unicellulaire et les services de dépistage.

Séquençage unicellulaire de l'acide ribonucléique (ARN) : L’installation peut échantillonner jusqu’à 10 000 cellules en parallèle pour des projets de séquençage unicellulaire de l'ARN et a tout l’équipement nécessaire pour, en aval, préparer, quantifier et évaluer le contrôle de la qualité des banques préparées. Elle a aussi la capacité de calcul informatique de haut niveau et l’expertise requises pour l’analyse bio-informatique de grands ensembles de données brutes générés par le séquençage unicellulaire de l'ARN, qu’elle convertit en ensembles de données adéquats pour la visualisation et l’analyse.

Services de dépistage : L’installation fournit un soutien technique pour la planification, l’exécution et l’analyse des petits ARN interférents (pARNi) et la sélection de composés. Elle a des systèmes automatisés de manipulation de liquides permettant le traitement précis et rapide d’un grand nombre d’échantillons. Elle possède aussi plusieurs banques de pARNi et de composés en libre accès en interne et une infrastructure pour faciliter ces vastes expériences de dépistage, ainsi que deux salles parfaitement opérationnelles de culture de tissus pour réaliser des expériences de biosécurité de niveau 2. Pour lire les résultats, nous avons un système automatisé d’imagerie et des lecteurs de plaques automatisés (fluorescence et luminomètre).

Services de recherche
  • Séquençage unicellulaire, préparation des banques et analyse des données par le personnel de l’installation
  • Services de dépistage des banques avec l’aide du personnel de l’installation
  • Encadrement et assistance pour planifier, monter des projets de séquençage unicellulaire et de dépistage ainsi que pour résoudre les problèmes
  • Aide pour la sélection et la conservation de banques de pARNi et de composés faites sur-mesure
  • Formation pratique sur l’équipement d’acquisition de données (p. ex. les lecteurs de plaques et l’acquisition automatisée par images)
  • Accessibilité aux petits ARN en épingles à cheveux (shRNAs) dans le génome entier de l’homme et de la souris
  • Entretien des instruments et contrôle de la qualité constants
  • Séminaires et présentations de fournisseurs organisés par l’installation
Secteurs d'application
  • Agriculture, alimentaire et sciences animales
  • Soins de santé et services sociaux
  • Sciences de la vie, produits pharmaceutiques et équipement médical

Équipement

Fonction

Régulateur Chromium X de 10x Genomics

Segmente les cellules isolées en une émulsion qui permet le séquençage en parallèle de milliers de cellules individuelles.

Système automatisé de manipulation de liquides JANUS à plateforme élargie de PerkinElmer

Le poste de travail JANUS dont la plateforme est élargie, est un système robotique à deux bras pour la manipulation de liquides. Il peut prendre en charge 96 et 384 échantillons en parallèle et s’adapte pour distribuer des microplaques comportant jusqu'à 1536 puits. Cet équipement est entièrement logé dans une enceinte de biosécurité de niveau 1. 

Système automatisé de manipulation de liquides JANUS à plateforme standard de PerkinElmer

Le poste de travail JANUS est un système robotique de manipulation de liquides, qui peut prendre en charge 96 et 384 échantillons en parallèle. Cet équipement est logé dans une enceinte de biosécurité de catégorie 2. Ce système nous permet de réaliser des expériences de culture cellulaire dans des conditions de biosécurité de niveau 2. 

Lecteur de plaques multimarques EnVision de PerkinElmer

Détecteur haute vitesse de l’intensité de fluorescence, de la polarisation de fluorescence, de fluorescence en temps différé, de luminescence, et d’absorbance. Ce lecteur accepte les microplaques de 1 à 3 456 puits dans un panier d’empilement de 50 plaques avec lecteur code à barres pour une application à haut débit.

Analyseur infrarouge LI-COR de LI-COR Biosciences

Numériseur infrarouge à deux couleurs qui analyse par balayage les membranes ou les cellules fixées dans les plaques de culture de cellules.

Bioanalyseur 2100 d’Agilent

Appareil de mesure, de quantification et de contrôle de qualité de l’ADN, de l’ARN et des protéines, fonctionnant par électrophorèse et utilisant les principes de la microfluidique. La quantification peut être réalisée sur un seul pic (produits de PCR [réaction en chaîne de la polymérase]) ou sur une région, (banque d’ADN).

Système QIAxcel de QIAGEN

Système d’électrophorèse capillaire  à 12 canaux permettant de séparer, avec une très haute résolution et de manière totalement automatisée, des fragments d’ADN dont la taille varie entre 15 pb (paires de bases) et 10 kpb (kilopaires de bases) afin de permettre d’en déterminer la taille et la concentration.

Système MiSeq d’Illumina

Plateforme de séquençage nouvelle génération permettant d’automatiser l’amplification en grappes, le séquençage par synthèse et l’analyse de séquençage primaire.

Système de détection PCR en temps réel CFX96 Touch de Bio-Rad

Instrument de PCR en temps réel à six canaux : cinq canaux couleur et un canal FRET (transfert d’énergie par résonnance de type Förster).

Système 4D-Nucleofector de Lonza

Permet la transfection très efficace des cellules primaires, des cellules souches, des neurones et des lignées cellulaires qui sont typiquement difficiles à transfecter par électroporation et autres méthodes de transfection non virales.

Laveur de microplaques 405 TS de BioTek

Conçu pour nettoyer efficacement les microplaques utilisées pour réaliser des essais basés sur des cellules ou des microsphères, ainsi que des tests ELISA (essai d'immuno-absorption enzymatique).

Analyseur métabolique Seahorse XFe96 de Agilent

Mesure le taux de consommation d'oxygène et le taux de l'acidification extracellulaire, des indicateurs clés de la respiration mitochondriale et de la glycolyse dans les cellules vivantes. Ensemble, ces mesures offrent un point de vue systémique de la fonction métabolique cellulaire dans les cellules cultivées et les échantillons ex vivo.

Plateforme MERSCOPE® de Vizgen 

Permet la détection directe de jusqu'à 500 transcrits de gènes cibles dans une coupe biologique avec une résolution optique de 100 nm permettant la localisation subcellulaire des transcrits détectés.

Système de transfert Western automatisé JESS de Bio-Techne

Système d'électrophorèse capillaire automatisant toutes les étapes du transfert Western traditionnel, y compris la séparation, l'immunosondage, la détection et l'analyse des protéines.

Titre

Hyperlien

Couverture du Journal of Infectious Diseases, Volume 220, numéro 8, 15 octobre 2019. Image obtenue à l’installation.

https://academic.oup.com/jid/issue/220/8