Fournisseur de technologies et de services de pointe proposant des solutions de bout en bout pour l’acquisition et l’analyse de données omiques.
Le Laboratoire d’analytique omique et de précision est l’une des plateformes technologiques de l’Institut mondial pour la sécurité alimentaire (GIFS) de l’Université de la Saskatchewan, située à Saskatoon, en Saskatchewan. Plateforme technologique de pointe parmi notre gamme de services, le laboratoire est une valeur ajoutée et contribue à faire progresser la recherche dans divers secteurs.
Bien qu’œuvrant à l’origine dans le domaine de l’agriculture, le laboratoire se fait une fierté de travailler avec des équipes de recherche et des organisations dans l’ensemble de l’écosystème de l’innovation pour faire avancer la science et la technologie, en proposant des pistes et des solutions à des problèmes complexes.
Une plateforme de premier plan pour la technologie omique, le laboratoire fournit des services de génomique, de transcriptomique et de bio-informatique de calibre mondial aux équipes de recherche et aux organisations, notamment dans le domaine de l’agroalimentaire et dans d’autres domaines de recherche axée sur la découverte.
La plateforme technologique comprend les dernières technologies de séquençage à lecture longue et à lecture courte, à haut débit. L’équipe peut aider la clientèle à partir de la conception du projet jusqu’à la première extraction, menant à la production de données bio-informatiques de qualité professionnelle.
- Génomique et transcriptomique
- Séquençage de génomes entiers (WGS)
- Séquençage de l’ARN (RNA-Seq)
- Génotypage (séquençage passe-bas du génome entier et séquençage ciblé de polymorphismes de nucléotide simple [SNP])
- Séquençage d’isoformes (Iso-Seq) à l’aide de la trousse Kinnex de PacBio
- Métagénomique shotgun
- Métacodage à barres (16S, 18S, espaceur interne transcrit [ITS])
- Préparation de librairies et séquençage de Hi-C
- Séquençage d’amplicons
- Séquençage par immunoprécipitation de la chromatine (ChIP-Seq)
- Séquençage de cellule unique
- Bio-informatique
- Assemblage et annotation de génomes, dont le génome haploïde phasé et le génome polyploïde complexe
- Outils de visualisation du génome
- Assemblage de transcriptome
- Analyse de l’expression différentielle
- Appel de variantes structurelles et de séquences
- Apprentissage automatique et intelligence artificielle
- Agriculture, alimentaire et sciences animales
- Pêches et aquaculture
- Soins de santé et services sociaux
- Sciences de la vie, produits pharmaceutiques et équipement médical
Laboratoires et équipements spécialisés
| Laboratoire spécialisé | Équipement | Fonction |
|---|---|---|
| Matériel de séquençage de l’ADN et de l’ARN | Système de séquençage NovaSeq 6000 d’Illumina | Effectuer un séquençage à lecture courte et génère jusqu’à 6 Tb ou 20 milliards de lectures en 48 heures avec une charge cellulaire à double flux. |
| Système de séquençage MiSeq d’Illumina | Séquenceur de table ayant un débit de 15 Go par lecture et avec une banque de 600 paires de bases au maximum ; est idéal pour de petits projets (petits génomes, séquençage ciblé, séquençage d’amplicons, etc.). | |
| Système Sequel lle de PacBio | Permet de séquencer en particulier pour de petits projets bénéficiant de la durée et de la précision des lectures HiFi, ainsi que pour des projets de découverte d’isoformes de transcript qui utilisent le séquençage d’isoformes, notamment des projets d’annotation du génome. | |
| Système Revio de PacBio | Permet d’obtenir des lectures HiFi fournissant des informations à longue portée et une grande précision de base, ce qui permet d’obtenir des données pour l’assemblage de génomes végétaux, animaux et microbiens de haute qualité à l’aide d’une seule technologie économique. | |
| Séquenceur nanopore à haut débit PromethION 24 d’Oxford Nanopore | Permet d’exécuter simultanément jusqu’à 24 cellules de flux à haute capacité et générer ainsi des données de séquençage de courte ou de longue durée (≥ 15 Ko par exemple) jusqu’à une ultralongue durée (≥ 4 Mo par exemple) ; est idéal pour des projets de grande envergure. | |
| Matériel d'automatisation des laboratoires | Système de manipulation des liquides Hamilton NGS STAR. | Automatiser la préparation des échantillons avec précision et exactitude, en traitant jusqu’à 96 échantillons simultanément ; est conçu pour le flux de séquençage à haut débit. |
Partenaires de recherche des secteurs privé et public
- Conseil de recherche agricole du Bangladesh
- Partenariat de recherche agricole de Victoria (Australie)
- Conseil national de recherches Canada
- Agriculture et Agroalimentaire Canada
Information additionnelle
| Titre | Hyperlien |
|---|---|
| Des partenaires investissent dans une nouvelle technologie utilisant l’intelligence artificielle pour détecter les mauvaises herbes résistantes aux herbicides. | https://gifs.ca/news/partners-investing-in-new-technology-featuring-ai-to-detect-herbicide-resistan… |
| L’Institut mondial pour la sécurité alimentaire reçoit un financement fédéral de 1,35 million de dollars pour le laboratoire OPAL | https://gifs.ca/news/details/gifs_receives_135_million_in_federal_funding_for_omics_and_precision_agriculture_laboratory_opal |
| Le laboratoire de l’Institut mondial pour la sécurité alimentaire de l’Université de la Saskatchewan met la toute dernière technologie de séquençage à la disposition de l’Ouest canadien. | https://gifs.ca/news/gifs-latest-sequencing-technology |
| Une étude majeure permet de créer le premier atlas génomique pour l’amélioration génétique du blé à l’échelle mondiale : une étude menée par l’Université de la Saskatchewan a séquencé le génome de 15 variétés de blé provenant des quatre coins de la planète. | https://news.usask.ca/articles/research/2020/landmark-study-generates-first-genomic-atlas-for-globa… |
| Financement agricole Canada annonce un investissement de 5 millions de dollars au profit de l’Institut mondial pour la sécurité alimentaire de l’Université de la Saskatchewan dans le but d’accélérer la sélection et l’innovation agricoles au Canada. | https://www.fcc-fac.ca/fr/a-propos-de-fac/centre-des-medias/communiques-de-presse/2024/annonce-inve… |