Centre de recherche appliquée axée sur la création de solutions de génétique moléculaire (génomique) et de production cellulaire (métabolomique) proposées principalement à l’industrie agricole et à certains secteurs de la santé humaine.
Fondé en janvier 2019, le Centre de génomique appliquée (AGC) de l’Université polytechnique Kwantlen au campus de Surrey est une installation de recherche appliquée vouée au développement de solutions de génétique moléculaire (génomique) et de production cellulaire (métabolomique) au service des secteurs de l’agriculture et de la médecine humaine. Les projets de recherche appliquée prévoient en grande partie le recours à des outils de génomique et de métabolomique pour étudier des enjeux posés dans le domaine de l’agriculture afin de hausser le niveau d’uniformité des récoltes et de rendement des cultures, et d’améliorer la santé animale. Pour ce faire, l'équipe du laboratoire a établi des partenariats avec divers établissements de l’industrie et du monde universitaire tant dans la vallée du Fraser que dans le reste du Canada. L'équipe travaille aussi en étroite collaboration avec l’Institut d’horticulture durable de l’Université polytechnique Kwantlen dans le domaine de la génétique au service des méthodes agricoles durables en Colombie-Britannique et au-delà des frontières de la province.
Les chercheurs du Centre se penchent également sur la santé humaine à l’aide d’outils de génétique afin de mieux comprendre les rouages génétiques sous-jacents aux maladies humaines.
Le Centre compte sur une équipe de scientifiques chevronnés ayant de l’expertise en matière de génomique, de phytogénétique, de génotypage végétal et animal, d’identification et de quantification de communautés microbiennes dans des spécimens environnementaux et animaux, de métabolomique et de génétique de la neuropathologie humaine.
L’expertise et le matériel spécialisé au Centre comprennent le séquençage de l’ADN selon la technique de Sanger, le séquençage de nouvelle génération (projets sur mesure et métagénomique 16S), les essais de réaction de polymérisation en chaîne quantitative (PCR quantitative) sur mesure pour la détection et la quantification d’organismes, l’identification de souches microorganiques ou de variétés végétales par analyse d’ADN, la mesure quantitative par chromatographie en phase liquide haute performance(HPLC) d’acides alpha et d’acides bêta dans le houblon par la méthode de l’American Society of Brewing Chemists, et l’analyse de métabolites volatiles (p. ex. les terpènes) par spectrométrie de masse et chromatographie en phase gazeuse (GC/MS).
- Agriculture, alimentaire et sciences animales
- Technologies et services de l’environnement
- Pêches et aquaculture
- Soins de santé et services sociaux
- Sciences de la vie, produits pharmaceutiques et équipement médical
Laboratoires et équipements spécialisés
| Équipement | Fonction |
|---|---|
| Système iScan d’Illumina | Dispositif de balayage à barrettes innovateur avec haute sensibilité fournissant une imagerie rapide et précise des microbilles BeadChips d’Illumina, ce qui garantit des résultats d’analyse génétique exceptionnels |
| Système MiSeq d’Illumina | Offre l’accès à des applications ciblées telles le reséquençage ciblé, la métagénomique, le séquençage génomique à petite échelle et le profilage de l’expression génétique. Les réactifs MiSeq produisent un volume de données de sortie allant jusqu’à 15 Go, avec 25 millions de lectures de séquençage et des longueurs de lecture de 2 × 300 pb. |
| Système Ion GeneStudio S5 de ThermoFisher Scientific | Système de séquençage de nouvelle génération (NGS) à semiconducteurs adapté aux débits de séquençage ciblé simple et permettant d’obtenir des lectures de 2 à 80 millions de séquences par traitement. Idéal pour le séquençage de génome/exome à petite échelle, le séquençage ciblé et l’analyse de métagénomique 16S. |
| Analyseur génétique SeqStudio de ThermoFisher Scientific | Séquenceur Sanger et analyseur génétique. Un système, modèle de table, doté d’une technologie de séquençage de référence absolue par la méthode de Sanger avec analyse fragmentaire. |
| Thermocycleur en temps réel QuantStudio 7 Flex de ThermoFisher Scientific | Système adapté à un vaste éventail d’applications de RCP (réaction en chaîne de la polymérase) en temps réel, de voies de multiplexage et de formats de blocs interchangeables. |
| Thermocycleur en temps réel QuantStudio 5 de ThermoFisher Scientific | Peut être utilisé pour un vaste éventail d’applications, de voies de multiplexage et de contrôle précis de la température. |
| Chromatographe en phase liquide 1290 Infinity II d’Agilent | Appareil de chromatographie en phase liquide haute performance ayant une capacité de traitement d’échantillons en tête de l’industrie et conçu de façon à réduire au minimum la dispersion durant les expériences d’ultra-HPLC les plus exigeantes. La configuration est optimisée actuellement en vue de l’analyse de phénols et de sucres. |
| Système de GC/MSD 5977B d’Agilent | Spectrométrie de masse/chromatographie en phase gazeuse. Spectromètre de masse/chromatographe en phase gazeuse à simple quadripôle, idéal pour l’analyse de composés volatils par injection directe ou échantillonnage d’espace de tête, adapté à une vaste gamme d’applications comme l’analyse environnementale, chimique, pétrochimique, alimentaire, médico-légale, pharmaceutique et des matériaux. |
| Système de chromatographie liquide préparative à haute performance (Prep HPLC) de Agilent | Séparer et recueillir des composés de haute pureté afin de les évaluer, analyser et traiter le plus rapidement possible à l’aide d’un système autonome. |
| Spectromètre de masse quadripolaire à temps de vol (qTOF) de Agilent | Identifier et quantifier des mélanges complexes ou des composés inconnus à l’aide d’un spectromètre de masse qTOF doté d’une technologie d’analyse hybride offrant une résolution de masse et une précision de masse élevées. |
| Appareil de séquençage par nanopores MinION de Oxford Nanopore Technologies | Identifier des bases de l’ADN, au moyen d’un appareil portatif de séquençage des ADN et ARN à longue lecture en temps réel, en mesurant les variations de conductivité électrique produite par les brins d’ADN qui traversent des pores biologiques. |
Partenaires de recherche des secteurs privé et public
• Agriculture et Agroalimentaire Canada
• Agwest Veterinary Group Ltd.
• Services vétérinaires Atkins
• Barnside Brewing Co.
• British Columbia Hop Growers Association (BCHGA)
• Ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation de la Colombie-Britannique
• Boviteq
• Corteva Agriscience
• Ferme Crescent Island
• Equine Register Canada
• Incisive Genetics
• Première Nation Kwikwetlem
• Pépinière Life Cycle Botanics
• ApiSave (Nature Recombined Sciences)
• Ocean Spray du Canada
• Optimi Labs Inc.
• Entreprise brassicole Parallel 49
• Semex
• Université Thompson Rivers
• Topp’s Hops
• Pépinière Van Belle
• WestGen
Information additionnelle
| Titre | Hyperlien |
|---|---|
| Analyse structurelle des conséquences fonctionnelles relatives à l’épissage de la mutation pathogène S218L causant la migraine hémiplégique familiale de type 1 sur le canal calcique de type P/Q (Cav2.1). | https://doi.org/10.1186/s13041-024-01152-z |
| Les effets de concentrations de dioxyde de carbone sur la sensibilité en laboratoire de plusieurs espèces de mycoplasmes prélevées sur des vaches laitières. | https://journals.asm.org/doi/10.1128/spectrum.00946-24 |
| Aucune détection de dysbiose chez des chevaux canadiens atteints du syndrome d’écoulement anal, observée à l’aide du séquençage de l’ARNr 16S. | https://www.nature.com/articles/s41598-024-63868-1 |
| Une équipe de recherche trouve une solution pour modifier le poil des vaches de la Colombie-Britannique exposées aux chaleurs extrêmes. | https://www.kpu.ca/news/2024/10/02/researchers-find-hairy-solution-bc-cows-facing-scorching-heat |
| Une serre et une université de la Colombie-Britannique collaborent à un projet de code-barres pour le cannabis. | https://stratcann.com/news/bc-cannabis-nursery-and-university-collaborate-on-cannabis-barcoding-pro…. |
| Une équipe de recherche de l’Université polytechnique Kwantlen révèle des pistes de solution à une maladie des chevaux. | https://www.kpu.ca/news/2024/09/04/kpu-researchers-uncover-clues-problem-plaguing-horses |
| Katelin Owsianski de Global News visite le Centre de génomique appliquée de l’Université polytechnique Kwantlen pour en savoir plus sur un test PCR en développement pour le dépistage de maladies chez les vaches laitières (vidéo). | https://globalnews.ca/video/10561011/curious-minds-kpu-applied-genomics-develops-test-for-disease-i… |
| Une séquence à découvrir : le contexte métagénomique entourant l’infection à la bactérie Mycoplasma Bovis chez les bovins. | https://norgenbiotek.com/stories/sequence-discover-metagenomic-context-surrounding-mycoplasma-bovis… |