Centre des sciences génomiques Michael Smith du Canada de l’Agence du cancer de la Colombie-Britannique

Université de la Colombie-Britannique, Vancouver, Colombie-Britannique
Que fait l'installation

Applique les pratiques en génomique, transcriptomique, protéomique, épigénomique, métagénomique et bio‑informatique pour appuyer la recherche en sciences de la vie axée sur le cancer

Domaines d'expertise

Le centre possède une expertise de renommée mondiale dans la recherche en génomique, combinée à une expertise novatrice en bio‑informatique reconnue à l’échelle internationale. Notre mandat consiste à faire progresser les connaissances sur le cancer et d’autres maladies, à améliorer la santé humaine par la prévention des maladies, à élaborer des approches diagnostiques et thérapeutiques et à rendre compte des retombées sociales et économiques de la recherche en génomique. Pour ce faire, nos scientifiques utilisent des plateformes de séquençage et des outils informatiques de pointe pour recueillir, extraire et analyser les données génomiques. Nos installations ultramodernes nous permettent d'utiliser les progrès technologiques pour le traitement d'échantillons biologiques complexes et précieux.

Le centre est unique puisqu'il favorise une collaboration étroite entre les scientifiques et les cliniciens, ce qui permet une concentration sur la recherche translationnelle directe. Grâce au programme d’oncogénomique personnalisée, le centre recourt à des technologies de séquençage pour influencer en temps réel les stratégies thérapeutiques et de gestion des patients atteints de cancer. L'installation de recherche abrite également le Centre de génomique clinique accrédité par le Collège des pathologistes américains pour effectuer des tests génomiques cliniques. Il met en outre son expertise au service d’autres applications liées à la santé et à l’environnement.

Services de recherche
  • Services d’extraction d’acides nucléiques et de mise sur pied de banques, y compris pour le génome FFPE, le génome sans PCR, l’ADN à faible taux d’entrée, le bisulfite, l’immunoprécipitation de la chromatine (ChIP), l’ARN messager (spécifique au brin), l’appauvrissement en ribosomes, le miARN, le TCR/BCR, la capture des exomes et la capture personnalisée et 16S/ITS.
  • Les services de séquençage comprennent le génome entier, le transcriptome entier (appauvri en ribosomes, ou ARN polyA), l’épigénome, le ChIP, la capture des exomes (exons seulement ou avec les régions non traduites), le miARN, les lectures longues et les lectures liées.
  • Les services de bio‑informatique comprennent l’analyse somatique, l’immunogénétique du cancer, l’analyse épigénétique, l’analyse des variantes structurelles, l’analyse de l’expression, l’analyse germinale et l’assemblage génomique.
Secteurs d'application
  • Technologies et services de l’environnement
  • Pêches et aquaculture
  • Foresterie et industrie forestière
  • Soins de santé et services sociaux
  • Sciences de la vie, produits pharmaceutiques et équipement médical
  • Services professionnels et techniques (y compris les services juridiques, l’architecture et le génie)

Laboratoire spécialisé

Équipement

Fonction

Séquençage de l’ADN

Illumina HiSeq X

Séquençage d’ADN et d’ARN

Séquençage de l’ADN

Illumina HiSeq2500

Séquençage d’ADN et d’ARN

Séquençage de l’ADN

Illumina NextSeq500

Séquençage d’ADN et d’ARN

Séquençage de l’ADN

Illumina MiSeq

Séquençage d’ADN et d’ARN

Séquençage de l’ADN

Dispositif à nanopores MinION, Oxford

Séquençage d’ADN et d’ARN

Séquençage de l’ADN

Dispositifs à nanopores PromethION, Oxford

Séquençage d’ADN et d’ARN

Gestion et analyse des données

Stockage des données : > 14 PB

Traitement des données : > 25 000 grappes

Serveur (Accès aux ressources de calcul de haute performance de Calcul Canada)

  • Agence du cancer de la Colombie-Britannique
  • Centre de contrôle des maladies de la Colombie-Britannique
  • Hôpital pour enfants malades
  • Leidos Inc.
  • Coastal Genomics Inc.
  • Institut de recherche Terry Fox
  • Institut national du cancer
  • CanSeq150
  • Compugen

Titre

Hyperlien

Le programme d’oncogénomique personnalisée

https://www.personalizedoncogenomics.org/

Centre de génomique clinique

http://www.ccgenomics.ca/