Offre des services d’analyse bio-informatique, de développement de logiciels et de calcul haute performance (CHP) à la communauté de recherche dans le domaine des sciences de la vie.
Le Centre canadien de génomique computationnelle (C3G) offre aux chercheurs et chercheuses une vaste gamme de services d'analyse standardisés et personnalisés. Le centre dirige et appuie plusieurs grands projets allant du développement au déploiement.
Le C3G dispose d’une expérience approfondie en analyse et en organisation de données provenant d’une grande variété d’essais biologiques, en s’appuyant sur des méthodes de calcul de pointe. Il offre une vaste gamme de services d’analyse standardisés et personnalisés aux chercheurs et chercheuses, qui bénéficient à leur tour de la vaste expérience de l’équipe en analyse de données provenant de diverses applications de séquençage. Le C3G offre du soutien dans les domaines suivants :
- Analyse de données personnelles ou publiques par des spécialistes en bio-informatique
- Planification d’expériences avec un fournisseur de séquençage
- Appui aux demandes de subventions en partenariat
- Services de formation
- Élaboration d’analyse personnalisée de pipelines de données
- Organisation et diffusion de données
● Séquençage de l’ARN (RNA-Seq)
● Séquençage unicellulaire de l’ARN (scRNA-Seq)
● Microbiome et métagénomique
● Assemblage et annotation de génome
● Séquençage de génome entier et d’exome entier
● Génomique du cancer
● Assemblage de novo de transcriptomes
● Séquençage par immunoprécipitation de la chromatine / Test de chromatine accessible à la transposase avec séquençage à haut débit (ChIP-Seq / ATAC-seq)
● Séquençage de la méthylation
● Hi-C pour la détection des interactions chromatiniennes à l’échelle du génome
● Bio-informatique structurelle
● Portails de données
● Élaboration de pipelines personnalisés
- Agriculture, alimentaire et sciences animales
- Technologies et services de l’environnement
- Pêches et aquaculture
- Foresterie et industrie forestière
- Industrie océanologique
Laboratoires et équipements spécialisés
| Laboratoire spécialisé | Équipement | Fonction |
|---|---|---|
| Gestion et analyse de données | Serveur | La plate-forme du Centre canadien de génomique computationnelle (C3G) s’appuie principalement sur des liens physiques et logistiques solides avec l’Alliance de recherche numérique du Canada, qui lui alloue 1080 cœurs-années de calcul et 4,7 Po de stockage de projet sur des grappes de calcul haute performance. La plateforme du C3G dispose également d’un accès privilégié à la grappe ABACUS du Centre de génomique McGill (1712 cœurs Intel). |
| Logiciel | GenPipes | Cadre flexible en langage Python qui facilite l’élaboration et le déploiement de flux de travail génomiques multiétapes, optimisé pour les grappes de calcul haute performance et l’utilisation en nuage. Il propose 14 pipelines libres, validés et évolutifs pour diverses applications génomiques. |
Partenaires de recherche des secteurs privé et public
- Agriculture et Agroalimentaire Canada
- Centre national en électrochimie et en technologies environnementales
- Centre de recherche du CHUM
- Centre de recherche du CHU Sainte-Justine
- Centre de recherche du Centre hospitalier de l’Université de Montréal
- Université Concordia
- Université Concordia d’Edmonton
- Université Dalhousie
- F. Hoffmann-La Roche AG (Roche)
- Pêches et Océans Canada
- Institut de recherche biomédicale de Bellvitge
- Institut de recherche Robert-Sauvé en santé et en sécurité du travail
- Institut national de la recherche scientifique
- Institut de psychiatrie et de neurosciences de Paris
- Institut Lady Davis/Hôpital général juif
- MicroSintesis
- Institut de recherche Terry-Fox
- Université Mount Allison
- Parcs Canada
- Université Queen’s
- Institut de recherche du Centre universitaire de santé McGill
- Université Saint Mary’s
- Hôpital Shriners pour enfants – Canada
- Institut national de la santé et de la recherche médicale
- Université Laval
- Université de Montréal
- Université du Québec à Trois-Rivières
- Université de Calgary
- Université du Manitoba
- Université du Dakota du Nord
- Université d’Ottawa
- Université de l’Île-du-Prince-Édouard
- Université du Québec à Rimouski
- Université de Toronto
- ZeaKal, Inc.
- 35. Pharma Inc.
- Abnatura Inc.
Information additionnelle
| Titre | Hyperlien |
|---|---|
| Institut de médecine génomique Victor-Phillip-Dahdaleh de l’Université McGill | https://genomic.medicine.mcgill.ca/ |
| GenPipes. | https://genpipes.readthedocs.io/en/latest/ |
| Guide d’utilisation de pipelines. | https://genpipes.readthedocs.io/en/latest/user_guide/pipeline_ref.html#docs-pipeline-ref |
| Applications de GenPipes en situation réelle. | https://genpipes.readthedocs.io/en/latest/get-started/gp_usecases.html#docs-gp-usecases |