Offre aux chercheurs l’accès à des ressources de calcul et de stockage par infonuagique pour le fonds documentaire du Consortium international de génomique du cancer.
Le collaboratoire est une ressource de calcul infonuagique universitaire qui a été mis sur pied par l’Institut de recherche sur le cancer de l’Ontario. Il permet aux chercheurs et chercheuses d’effectuer des analyses complexes en utilisant les vastes ensembles de données sur la génomique du cancer du Consortium international de génomique du cancer (CIGC). Il héberge également le répertoire le plus vaste et le plus exhaustif de données de génomique du cancer au monde ou « analyse pan-oncologique de génomes entiers » (Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes – PCAWG).
Le collaboratoire est aussi ouvert aux autres travaux de recherche qui bénéficieraient d’un environnement de calcul infonuagique.
Le collaboratoire héberge les données du CIGC, une collaboration mondiale regroupant plus de 70 projets et 40 pays ou régions créée pour le séquençage des génomes de 25 000 tumeurs et de leurs tissus normaux liés à 50 principaux types de cancers. Il contient aussi les données du PCAWG, qui a uniformément analysé plus de 2 600 génomes de cancer entiers du CIGC. Les utilisateurs et utilisatrices du laboratoire collaboratif ont rapidement et facilement accès à ce répertoire de données.
Autrement, les utilisateurs et utilisatrices du laboratoire peuvent téléverser leurs propres ensembles de données aux fins d’analyse.
Grâce aux installations de calcul informatique du laboratoire, les chercheurs peuvent accomplir des tâches complexes d’exploration et d’analyse de données en utilisant de grands ensembles de données, comme ceux du CIGC et du PCAWG. Utilisant des logiciels d’étiquetage évolué de métadonnées, de suivi des provenances et de gestion des flux de travail, les chercheurs peuvent mettre en œuvre des pipelines analytiques complexes et créer des traces reproductibles de chaque étape ainsi que partager des méthodes et des résultats. Au lieu de consacrer des semaines, voire des mois, au téléchargement de centaines de téraoctets de données depuis un répertoire central avant même de commencer des calculs, les chercheurs peuvent téléverser et lancer leurs logiciels d’analyse sur le laboratoire d’infonuagique, puis télécharger les résultats des calculs de façon sécurisée.
Environnement de calculs virtuels libre-service (nuage OpenStack), spécifications sur mesure d’appareillage virtuel d’analyse de génome entier, établissement logiciel du réseautage avec règles de pare-feu libre-service, connectivité Internet à haut rendement, stockage d’objets par API Swift et S3, réservation d’espace disque libre-service, interfaces Web, API et CLI, répertoire d’images libre-service de diffusions populaires GNU/Linux avec outils de bio-informatique préparamétrés, accès aux données du Consortium international de génomique du cancer (CIGC) et de l’analyse pan-oncologique de génomes entiers (Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes – PCAWG) par réseautage à largeur de bande élevée, enregistrement de conteneurs de bio-informatique Docker.
- Soins de santé et services sociaux
- Sciences de la vie, produits pharmaceutiques et équipement médical
Laboratoires et équipements spécialisés
Laboratoire spécialisé |
Équipement |
Fonction |
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Nuage de calcul du collaboratoire |
Infrastructure de calcul infonuagique |
Infrastructure libre-service évolutive de calcul, de stockage et de réseautage. |
Flux de travail de collaboratoire Dockstore |
Plateforme Dockstore |
Flux de travail conditionnés pour classification structurelle de variantes, classification somatique, VNC, indels et alignement du nombre de copies et BAM. |
Partenaires de recherche des secteurs privé et public
- Centre des sciences des données intensives (Université de Chicago)
- Alliance mondiale pour la génomique et la santé
- Université McGill
- Université de la Colombie-Britannique
Information additionnelle
Title |
Hyperlien |
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Le Laboratoire collaboratif de génomique du cancer de l’IORC remporte le prix OpenStack Superuser de 2018 pour ses contributions à la communauté de recherche sur le cancer. |
https://oicr.on.ca/oicrs-cancer-genome-collaboratory-wins-2018-openstack-superuser-award-for-contri… |
L’Institut ontarien de recherche sur le cancer (IORC) remporte le prix Superuser lors du sommet OpenStack à Vancouver. |
https://superuser.openstack.org/articles/and-the-superuser-award-goes-to-3/ |
Sommet OpenStack de 2018. |
https://www.youtube.com/watch?v=lhzIr3K9Kgs&list=PLenh213llmcbJ0qoK2f9l-hLiAWhFAobR |
Étude de cas de Ruckus – Transformer la recherche sur le cancer grâce à un nouveau modèle de réseau. |
https://www.commscope.com/globalassets/digizuite/460-290-cs-ontario-institute-cancer-research.pdf |