Laboratoire de génomique comparative et de bio-informatique

Université Brock, St. Catharines, Ontario
Que fait l'installation

Recherche sur la diversité génétique à l’aide de techniques de calcul et expérimentales

Domaines d'expertise

Selon une approche intégrée combinant des technologies de calculs et expérimentales de génomique fonctionnelle et comparative, le Bioinformatics and Comparative Genomics Lab se penche sur l’étude des mécanismes de la diversité génétique interspécifique et intraspécifique et sur leur contribution à la diversité des caractères biologiques.

Services de recherche

Logiciels génomiques : Analyse des données de méthylation, Analyse des données cytogénétiques, Prédiction d’exons, Identification de gènes, Bases de données : Polymorphismes d'insertion de rétrotransposons, Syndrome d'Hermansky-Pudlack, Biologie cellulaire et moléculaire comparative de la longévité

Secteurs d'application
  • Sciences de la vie, produits pharmaceutiques et équipement médical

Nom de l’équipement

Résumé de la fonction

Matériels et logiciels bio-informatiques

 

Processeur de crête de méthylation

 

Outil Web servant à traiter les données de méthylation de l’ADN NimbleGen. L’analyse de ces données a deux objectifs : 1) repérer les crêtes communes entre échantillons, et 2) repérer des crêtes uniques à un groupe.

Lecteur de caryotypes (KaryoReader)

Analyse les données caryotypiques et calcule les changements chromosomiques détaillés afin de faciliter l’analyse systématique des données cytogénétiques à grande échelle, comme les données de la base de données Aberrations chromosomiques dans les cancers de Mitelman, et de repérer de nouvelles signatures cytogénétiques liées à des maladies génétiques spécifiques.

Logiciel Prot2Gene

Prédiction et cartographie précise des exons à l’aide de séquences de protéines.

Filtrage de données géniques

Le site Web propose trois programmes : programme de filtrage de données géniques, programme gestion de données d’annotation de gènes et programme de sélection de sondes ou de gènes communs.

Le programme de filtrage de données géniques sert à filtrer un ensemble de données d’expression génique en fonction de certains facteurs, comme la multiplication et la valeur minimale d’expression. Contrairement aux méthodes statistiques, la signification n’a pas été calculée dans la plupart des cas.

Le programme de gestion de données d’annotation de gènes facilite la recherche de données d’annotation d’ensembles précis de gènes ou de sondes. Le programme doit être étendu encore davantage. À l’heure actuelle, il contient uniquement les données de la base de données Affymetrix.

Le programme de sélection de sondes/gènes communs sert à rechercher des gènes ou des sondes communs à des échantillons distincts et peut afficher les gènes ou les sondes propres à un échantillon.

Afficheur de données (aCGHViewer)

 

Base de données sur les polymorphismes d'insertion de rétrotransposons (dbRIP)

dbRIP est une base de données sur les polymorphismes d'insertion de rétrotransposons (RIP) dans laquelle les RIP sont hautement intégrés aux données d’annotation sur le génome humain fournies par le logiciel Genome Browser de l’UCSC. La base de données contient tous les loci d’insertion polymorphiques Alu, L1 et SVA actuellement connus du génome humain.

Base de données sur le syndrome d'Hermansky-Pudlack

Cette base de données contient des données intégrées, d’annotation et médicales distribuées dans diverses bases de données publiques ou prédites par des outils bio-informatiques sur les gènes SHP humains et de souris récemment clonés, ainsi que sur des gènes responsables de syndromes apparentés au SHP, comme les syndromes de Chediak-Higashi, de Griscelli, de Usher type 1B et de Waardenburg.

Biologie cellulaire et moléculaire comparative de la longévité

Cette base de données contient une vaste gamme de données sur les caractères cellulaires et moléculaires d’espèces vertébrées recueillies par des biologistes comparatifs cherchant à repérer des caractères d’identification présentant une corrélation élevée avec la longévité. À l’heure actuelle, la base de données contient un millier d’enregistrements issus de près de 100 études distinctes.

Titre

Hyperlien

Brock University research lands funding

http://www.stcatharinesstandard.ca/2009/02/24/brock-university-reasearch-lands-funding